AqMaD ( Aquatische Macrofyten Diagnose ) is een instrument dat fysische en chemische knelpunten in een oppervlaktewaterlichaam identificeert op basis van een vergelijking tussen waargenomen en (bijv. vanuit KRW) gewenste water­- en oeverplanten. AqMaD identificeert de fysische en chemische knelpunten aan de hand van de soortensamenstelling van water- en/of oeverplanten. Deze diagnose is specifiek voor de lokaal heersende omstandigheden voor de vegetatie, dat wil zeggen: voor een specifiek monsterpunt binnen een waterlichaam, waarvan de betreffende soortensamenstelling wordt ingevoerd.

AqMaD bevat een dataset waarin van individuele plantensoorten de gemiddelde waarde is weergegeven voor een groot aantal fysische en chemische parameters. Aan de hand van deze dataset kan voor een bepaalde soortenlijst het bijbehorende fysisch-chemische milieu berekend worden. Dit is dan het aanwezige milieu op de betreffende locatie waarvan de soortensamenstelling is ingevoerd. Op deze wijze kan ook de soortenlijst van het referentiebeeld (bijvoorbeeld een KRW-type) worden vertaald naar een fysisch-chemisch milieu. Dit is dan het gewenste milieu.

In een volgende stap vergelijkt AqMaD het aanwezige milieu met het gewenste milieu. Wanneer de waarde van een parameter in de huidige situatie significant afwijkt van die in het gewenste milieu, dan vormt deze parameter een potentieel knelpunt voor het bereiken van het referentiebeeld. De mate waarin een milieufactor afwijkt wordt kwantitatief berekend. Wanneer er meerdere factoren suboptimaal zijn, krijgt men een indruk van mogelijke oorzaken zoals overbemesting, te intensief beheer en onderhoud, of het storten van bagger op de oevers. Ook verkrijgt men informatie over de hydromorfologie: te steile oevers, te diep, te weinig stroming, stabilisatie van het waterpeil, enzovoort.

AqMaD berekent voor oeverplanten en waterplanten afzonderlijk wat de testwaarde is voor de fysisch-chemische parameters. Die testwaarde is dimensieloos en wordt als volgt berekend: Z = (gemiddelde sample - gemiddelde referentie)/standaard deviatie referentie. Deze waarde wordt per sample, per locatie (oever/water) en per fysisch-chemische parameter (32 in totaal) bepaald.